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上海市共有21所二本大学参与了2016上海二本大学排名理科，其中排名第一的是上海海关学院，排名第二的是上海金融学院，排名第三的是上海中医药大学。
以下是上海二本大学排名2016具体榜单，根据2015年理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
2016上海二本大学排名理科
| 上海二本大学排名 | 学校名称 | 录取批次 | 录取线差 | 分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 上海海关学院 | 本科二批 | 81 | 348(第二批) | 429 |
| 2 | 上海金融学院 | 本科二批 | 69 | 348(第二批) | 417 |
| 3 | 上海中医药大学 | 本科二批 | 68 | 348(第二批) | 416 |
| 4 | 上海立信会计学院 | 本科二批 | 66 | 348(第二批) | 414 |
| 5 | 上海师范大学 | 本科二批 | 65 | 348(第二批) | 413 |
| 6 | 上海商学院 | 本科二批 | 56 | 348(第二批) | 404 |
| 7 | 上海工程技术大学 | 本科二批 | 53 | 348(第二批) | 401 |
| 8 | 上海政法学院 | 本科二批 | 50 | 348(第二批) | 398 |
| 9 | 上海第二工业大学 | 本科二批 | 45 | 348(第二批) | 393 |
| 10 | 上海电力学院 | 本科二批 | 43 | 348(第二批) | 391 |
| 11 | 上海海洋大学 | 本科二批 | 42 | 348(第二批) | 390 |
| 12 | 上海体育学院 | 本科二批 | 40 | 348(第二批) | 388 |
| 13 | 上海应用技术大学 | 本科二批 | 35 | 348(第二批) | 383 |
| 14 | 上海视觉艺术学院 | 本科二批 | 32 | 348(第二批) | 380 |
| 15 | 上海电机学院 | 本科二批 | 31 | 348(第二批) | 379 |
| 16 | 上海健康医学院 | 本科二批 | 28 | 348(第二批) | 376 |
| 17 | 上海外国语大学贤达经济人文学院 | 本科二批 | 22 | 348(第二批) | 370 |
| 18 | 上海师范大学天华学院 | 本科二批 | 19 | 348(第二批) | 367 |
| 19 | 上海杉达学院 | 本科二批 | 18 | 348(第二批) | 366 |
| 20 | 上海建桥学院 | 本科二批 | 14 | 348(第二批) | 362 |
| 21 | 上海兴伟学院 | 本科二批 | 9 | 348(第二批) | 357 |
